1. 支払い手数料：システム利用料という名のコスト転嫁
本来、店舗が負担すべきクレジットカード会社の決済手数料を、LCCは「支払い手数料」として直接ユーザーに請求します。驚くべきは、これが「一人あたり・一区間あたり」で発生する点です。例えば往復2名で予約し、手数料が1区間600円の場合、合計2,400円が最後に加算されます。これを知らずに予算を組んでいると、最後の最後で「安くない」と感じることになります。
2. 施設使用料：空港が徴収する「通行料」
【項目：PSFC / PSSC】
・旅客施設使用料（PSFC）：空港ターミナルの維持管理費。
・旅客保安サービス料（PSSC）：保安検査の運用費。
これらは航空会社の利益ではなく、空港会社に支払われるものです。成田第3ターミナルや関西第2ターミナルなど、LCC専用ターミナルはこの諸税が安く設定されているため、LCC運賃がさらに安くなる一因となっています。
・旅客施設使用料（PSFC）：空港ターミナルの維持管理費。
・旅客保安サービス料（PSSC）：保安検査の運用費。
これらは航空会社の利益ではなく、空港会社に支払われるものです。成田第3ターミナルや関西第2ターミナルなど、LCC専用ターミナルはこの諸税が安く設定されているため、LCC運賃がさらに安くなる一因となっています。
3. 手数料負けしないための賢い買い方
一部のLCCでは、コンビニ払いにすることでカード払いより数百円安くなるケースもあります。しかし、コンビニへ行く手間と、予約の即時確定を天秤にかける必要があります。また、航空会社の独自ブランドカードや、プリペイド式のチャージ決済（ピーチの「ピーチポイント」等）を利用することで、この支払い手数料を無料、あるいは大幅割引にする方法も存在します。頻繁に同じLCCを使うなら、この方法が最強の節約術です。